V tomto ročníku řešilo FYKOS 67 studentů, poslední sérii poslalo 17 řešitelů. Seriál na pokračování se probíral významné milníky moderní fyziky, jeho autorem byl Pavel Motloch spolu s Jakubem Bendou. Podzimní soustředění se konalo od 30. října do 6. listopadu 2008 v Dolním Dvoře, autorem legendy na téma Commandos byli Jan Bednář a Zdeněk Kučka. Jarní soustředění bylo od 25. dubna do 2. května ve Švagrově, jeho legendu, kterou byly Staré pověsti české, připravil Tomáš Jirotka. Třetí ročník Fyziklání se konal 13. února 2009 v posluchárnách M1–M4, zúčastnilo se ho 37 družstev, hlavním koordinátorem byl Aleš Podolník. Proběhl rovněž třetí ročník Týdne s aplikovanou fyzikou ve dnech 30. 3. – 2. 4. 2009 během kterého jsme mj. navštívili továrnu Panasonic v Plzni, tokamak COMPASS-D na ÚFP AV ČR na Slovance či elektrárnu Mělník. Do rozpočtu FYKOSu tento rok opět přispěla Skupina ČEZ za její propagaci na soustředění, TSAFu a v ročence.